梅克尔憩室一旦发现，建议尽早手术治疗。
梅克尔憩室如果不手术治疗，可能会出现憩室炎、憩室穿孔、出血，严重的会引起肠套叠、肠梗阻、肠坏死等严重的并发症。因为，如果没有出现一些并发症，患者是没有自我症状的，也不会到医院就诊。目前腹腔镜微创手术技术成熟，此类手术探查比较彻底，同时，创伤小，恢复快。
手术中根据患者憩室的大小和严重程度，选择手术方法。如果憩室比较小，而且没有明显的炎症，可以进行楔形切除，然后将两端正常的肠管进行吻合。憩室比较大，并且局部的肠管水肿比较严重，就可能需要进行肠段切除，患者术后一般预后都比较好。