肛瘘大便时出血，往往都是由于粪便在经过肛瘘内口的位置时，对内口周围的黏膜组织产生一定的摩擦，进而使黏膜下的毛细血管破裂，会发生出血的情况。
另外，在下蹲排便的过程当中，由于肛管直肠局部的压力增加，长期肛瘘内口存在会使肛管直肠周围的黏膜组织的脆性变强，也会发生大便出血的情况。
再者，就是肛瘘的患者同时伴有内痔的存在，在排便时也会有出血的发生。肛瘘的外口由于肉芽组织的反复增生，在下蹲局部压力增加可能会使肉芽组织发生破损，也会有出血的发生。肛瘘有大便出血要及时地完善相关的检查，通过手术进行治疗。