有些附睾炎不诊治也能自动消炎，但是对于大部分附睾炎的患者，需要应用抗生素治疗。对于一些炎症较轻，患者抵抗力强的附睾炎，通过自身的免疫机制可以将致病菌杀灭，病情可以自愈。
而对于大部分附睾炎的患者，很难自愈。有些附睾炎是继发于其他疾病，比如前列腺增生的患者，可以导致尿潴留、尿液发生感染、逆行引起附睾炎。
如果持续的应用抗生素，可能达不到治愈的目的，因为感染的根源没有去除，所以临床上看到很多前列腺增生的患者引起附睾炎，久治不愈，故做前列腺手术可以彻底治愈。