针对不同的肺部疾病，其检查方法亦有不同。例如行胸部X线或CT检查以观察肺部有无炎性病灶浸润、肺间质的情况以及有无肿块、肿瘤等形成。如果怀疑患者有气道功能性的病变，例如咳嗽变异性哮喘或支气管哮喘的患者。此时多需要行肺功能加支气管激发试验、舒张试验以及呼出气一氧化氮测定等，并于慢阻肺相鉴别。
如果怀疑患者有气道内病变，例如支气管结核、支气管肺癌的患者，此时多需要行支气管镜的检查以明确有无气管内的新生物形成以及气道有无狭窄。部分患者还可以因痰栓、异物堵塞而形成肺不张等。
另外，对于怀疑有感染性病变，为了明确其感染的致病原，此时需要行相应的痰培养、痰结核菌涂片、痰真菌涂片以协助抗感染治疗。故针对不同的肺部疾病，多选择不同的检查方法。