睾丸畸形疾病的种类较多，不同的疾病以及治疗方法也是不相同的。对于无睾症患者，如果是单侧无睾，一般无需治疗。双侧无睾，一般需要长期的使用激素药物替代治疗。此外，也可以选择行手术行睾丸移植。
对于多睾症的患者，一般是无需治疗的，在有睾丸萎缩或恶变等情况发生时，可以考虑行手术治疗。隐睾以及异位睾丸患者，如果在两岁以后，仍然未能降至阴囊。此时是需要行手术治疗的，在两岁之前可以应用药物进行对症治疗。
手术的方法，通常选择睾丸松解下降固定手术。睾丸融合的患者，如果功能良好，可以不需治疗。如果功能不良，为了防止睾丸发生恶变，可以行手术切除。