儿童口腔起疱可能是单纯疱疹病毒感染，从而导致疱疹性口炎、疱疹性咽峡炎。可以给患儿及时口服抗病毒的药物进行治疗，比如板蓝根颗粒、蓝芩口服液或者抗病毒口服液，也可以采用开喉剑喷雾剂涂抹咽喉和口内起疱的部位。
当儿童口腔水疱破溃后，会留下大片红肿、破溃的黏膜，这个时候患儿的日常饮食要以流质和半流质为主，多让患儿吃一些质地比较软的水果，也可以把水果榨成水果汁进行饮用。
儿童口腔起疱还有可能是因为细菌感染导致的细菌性口炎，需要口服抗生素药物进行治疗。此外，日常生活中要注意口腔卫生、按时刷牙，减少口内致病细菌。