孕酮太低的主要原因是女性的黄体功能不足导致的，黄体功能不足的女性会有月经推迟或者提前的情况出现。
另外女性在怀孕期间出现了先兆流产的情况，或者早产以及宫外孕等等，都是导致孕酮低的原因；患者的甲状腺功能以及肾上腺严重失调的情况下，孕酮也会降低。
孕酮太低跟患者的精神压力也有一定的关系，长期压力过大、运动过少，孕酮也会降低；孕酮太低跟饮食也有一定的关系，长期吃甜腻的食物，但是不注意补充维生素以及蛋白质，孕酮同样会降低。