百日咳是会引起其他疾病的。
百日咳杆菌一旦进入人体，整个呼吸系统都会受到侵犯，严重的患者还会引起神经系统的疾病，首先侵犯呼吸系统时，会引起支气管扩张、肺气肿、肺不张、气胸、纵隔气肿等疾病，侵犯到神经系统时，会出现百日咳脑病，幼儿多见，比如有意识障碍、惊厥等表现，脑脊液多无变化，另外如果患者原先有肺结核，还有可能使肺结核的疾病恶化。
容易出现并发症的多为婴幼儿，成年患者较少见，治疗百日咳首先应将患者隔离，保持空气新鲜，尽早给予抗生素治疗，还要加强营养、注意保暖、避免感冒、避免着凉。