绝大多数的肛周湿疹，不需要手术治疗。但少数病程长的慢性肛周湿疹，引起的肛周皮肤严重增厚或苔藓样变时，需要手术切除部分皮肤或者间隔切断肛周皮神经，从而达到治疗的目的。
肛周湿疹可分为急性肛周湿疹和慢性肛周湿疹，急性肛周湿疹病程较短，经规范的治疗及科学的生活习惯改变后，治愈率高，不易复发。慢性肛周湿疹的皮肤改变，以皮肤增厚及苔藓样变为主，保守治疗病程长且易反复发作。
对于顽固性的慢性肛周湿疹，可以行手术切除部分皮肤或者切断肛周皮神经，达到止痒的目的，效果比较满意。