食管癌在食管的各段都会发生，其中在胸中段的食管部位相较更容易发生，这和疾病本身的特点有关。
其次，食管癌好发的具体部位一般为食管的三个生理狭窄处，这是由于生理狭窄部位食物通过时会产生一定的阻力，而长期反复的阻力刺激会导致这些部位的组织受损，从而导致容易发生癌变，尤其是第二、三生理狭窄处更易发生食管癌。
此外，食管中出现损伤或其它病变的部位，也经常成为食管癌的好发部位，如形成疤痕、憩室、挛缩等病变的食管位置。