引起龟头刺痛的可能原因是病菌感染，属于龟头炎的症状表现之一。
常发生于高危性行为后，无良好的卫生清洗习惯等情况，局部滋生病菌引起炎性刺痛感。另一可能的原因跟包皮开口狭窄有关，造成局部清洗困难，积聚的包皮垢可引起刺痛感觉，并且还可伴随臭味，接触致敏原也可引起相关症状表现。常发生于某些食材过敏，或者是接触环境中粉尘等致敏原导致过敏性刺痛以及发痒等。
穿着化纤类材质的内裤也可引起刺痛感，及时更换棉质内裤，做好性保护，包茎可考虑做包皮环切手术处理。