喉咙有结石发臭，可以通过局部治疗或者手术治疗的方式来处理。
喉咙部位发臭的结石，通常是扁桃体结石的表现。扁桃体部位之所以会产生结石，是由于扁桃体的隐窝内长期有食物残渣等物体存在，食物残渣腐败变质以后，可能会发生继发细菌，导致细菌感染的情况出现。而长时间的细菌影响，会导致食物残渣变硬，形成结石。
比较小的结石可以在电子咽喉镜的观察下，使用专业的小镊子或者是小钳子将其取出。但如果结石的体积比较大，可能需要通过手术切开的方式才可以将其取出。