部分结膜炎有一定的自愈倾向，但是完全自愈的可能性较小。
尤其是对于病毒感染引起的结膜炎，或者急性发作的超级细菌性结膜炎，大多起病较急，病情严重且变化快，患者大多会有较为严重的眼部疼痛、肿胀、分泌物增多、结膜血管充血等症状。可根据具体的病因，给予相应的抗感染治疗，以防止病变由结膜侵入到角膜，甚至向更深层发展，引起严重的并发症状。
而较为常规的慢性结膜炎或者过敏性结膜炎，病情迁延，也需要治疗干预才能缓解，并在日常生活中注意用眼卫生。