化脓性肉芽肿可以通过液氮冷冻、二氧化碳激光或者外科手术治疗。
化脓性肉芽肿如果早期体积较小的，可以选择使用液氮冷冻或者二氧化碳激光治疗，将增生的毛细血管破坏，同时做好止血的处理，术后需要避免感染。如果化脓性肉芽肿的体积较大，或者某些部位不适宜进行液氮冷冻或二氧化碳激光的，可以选择外科手术切除，一次彻底地去除干净。
化脓性肉芽肿要避免外伤，一方面外伤容易诱发化脓性肉芽肿，另一方面如果患上化脓性肉芽肿，外伤会导致出血难止。