子宫内膜异位症和巧囊不是一回事。巧囊全称卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症当中的一个病理表现，也是常见的症状，是子宫内膜异位至卵巢当中形成囊肿，因此巧囊属于子宫内膜异位症的范畴。
但子宫内膜异位症还可以侵及宫骶韧带、膀胱、肠道等其它的部位。子宫内膜异位症的主要症状是继发性进行性加重的痛经并且由于异位的部位不同还会出现相关的症状。例如，如果异位至膀胱，可能出现每次月经来潮时血尿的情况。如果异位至肠道，可能月经期有便血的现象。
巧囊是卵巢的病变，会触及到卵巢囊性增大并且排卵障碍等情况，所以两者有区别。