反复发烧39℃可能是流感。流感是由于病毒感染导致，属于一种传染性疾病，而且流感的最大特点就是反复发烧，发烧持续的时间相对比较长。
想要确定是否流感病毒引起，可到正规医院化验血常规流感抗原进行检查。反复发烧39℃也有可能是细菌，或其他病毒感染上呼吸道，引起的支气管炎或者肺炎等疾病，会出现咳嗽有痰的现象。
如果是流感导致，可咨询医生服用抗病毒的药物和退烧药物进行治疗。部分患者伴随喉咙肿痛的情况，可使用消炎喷剂缓解症状。