临床上恶性肉芽肿治疗根据实际情况来定。恶性肉芽肿以放疗为主，配合抗癌药物。Wegener肉芽肿则以类固醇激素类药物和免疫治疗为主。
病因未明，有肿瘤、变态反应或自身免疫和病毒感染等学说。恶性肉芽肿为原因不明的进行性、坏死性溃疡，是一种始发于面部中线器官，以进行性坏死性溃疡为特征的一种少见的疾病。
凡发生于鼻部和面中部的进行性、肉芽性溃疡坏死，均应首先考虑本病，病理检查明确诊断。