血红蛋白E病的发生，主要是由于珠蛋白基因发生点突变，β-珠蛋白链上某种氨基酸被另一种氨基酸取代，使血红蛋白的性质和功能发生变化。
一般情况下，发生血红蛋白E病的时候，病人临床表现不是特别明显，有些患者有可能会有轻度的溶血性贫血。如果是病人在发生感染，或者是接触了氧化剂，溶血性贫血的表现有可能会出现加重。病人有可能会出现贫血的后遗症。比如有可能会出现头晕、乏力、头痛、耳鸣、活动后心悸、气短等。
另外，患者还有可能会出现黄疸，可以有皮肤和巩膜轻度的黄染。部分患者还有可能会出现轻度的肝、脾的肿大。