对于膀胱结核主要是同一般细菌引起的膀胱炎所鉴别，结核属于特殊的细菌感染，对于膀胱结核患者也会导致尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，而一般的膀胱炎症主要是由于大肠埃希氏菌感染引起，患者也会有典型的尿路刺激症状的产生。
一般进行尿常规和尿培养可以发现白细胞阳性，以及有明显的细菌生长，而如果膀胱结核一般鉴别诊断较为困难，可以进行抽血和尿培养，抽血主要检查其t-spot也就是结核感染体细胞检测，同时尿培养当中如果找到结核分枝杆菌，那么证实膀胱结核存在，必须使用一线抗结核药物对症治疗。