日本血吸虫病病原学诊断主要包括皮内试验、虫卵沉淀试验、间接血凝试验、直肠活检等检查方法。
皮内试验为快速诱发型免疫试验，当检查结果阳性，提示曾经感染过血吸虫病。虫卵试验与免疫反应相关，如果患者血清内抗体与寄生虫卵组织相结合，从而形成沉淀，提示感染。
间接凝血试验是将血吸虫卵抗原吸附于红细胞上，与相关抗体进行检测，如红细胞被破坏，提示为阳性。
直肠活检是通过肠镜方式，在病变位置取黏膜组织，以显微镜观察方式，判断是否存在虫卵。