左心室双出口最好的治疗方法，是外科手术治疗。如果左心室双出口确诊后，应该到当地正规医院及时行手术治疗。
因为两条大动脉均起自左心室，因此左心室所承受的负担比较重，容易导致肺淤血以及体循环障碍。随着疾病的发展，容易发生充血性心力衰竭、肺水肿、肺淤血等严重的并发症，甚至危及患者的生命。
因此，左心室双出口一经确诊，要及时手术治疗。手术方法主要有：如果患者出现肺充血的状态，需要行肺动脉结扎手术；而对于合并有肺动脉狭窄的患者，需要行肺体分流术。