女性在检查发现高度怀疑输卵管妊娠，通常需要进行住院，及时给予对症处理，尽早终止妊娠。
大多数输卵管妊娠明确的患者，都可能需要手术进行治疗，在输卵管妊娠的包块没有破裂的情况下，可能需要行腹腔镜的微创手术，并且进行开腔取胚的手术保守治疗。
而如果输卵管妊娠包块破裂的情况下，就有可能会出现腹腔大出血，甚至需要急诊抢救手术切除患侧的输卵管，来给对症治疗。
还有些输卵管妊娠的女性，由于其胚胎在输卵管内生长发育特别不佳，甚至已经有流产迹象，并且其血HCG也比较低，同时患者病情稳定，还可以给予药物来保守治疗，通常可以考虑通过肌注甲氨蝶呤，并且配以中药来辅助治疗。