小儿纵隔囊肿以及肿瘤的诊断鉴别方法是依靠一些辅助检查，比如X线片以及食管钡餐的造影或者CT、核磁共振断层的扫描。
前纵隔的囊肿需要借助X光片的前后位、侧位以及斜位来检查，后纵隔的肿瘤，需要依靠食管钡餐造影来检查，或者依靠CT和核磁共振来检查。明确肿瘤的部位或者囊肿的部位之后，需要鉴别良性和恶性才能治疗，制定合适的治疗方案。这个过程就比较困难，可以根据病史来鉴别，但是最终的诊断结果，还是要依靠手术之后送病理，回报的结果来诊断。
因为纵隔部位发生的病变是比较多种多样的，因此需要跟纵隔的淋巴结转移瘤相鉴别，是继发于很多恶性肿瘤之后发生的，X线也会有纵隔内的肿物的表现，以及胸内的甲状腺肿，还有恶性的淋巴瘤，以及纵隔的淋巴结结核形成的结节，或者肉芽肿这些疾病来进行鉴别，鉴别方式依然是依靠影像学和病理学。