只要睾丸生精功能正常，阴茎畸形也能使女性怀孕。轻微的阴茎畸形，阴茎勃起时能够正常的插入阴道，完成性交并射精，可以自然受孕。
当阴茎畸形严重，不能顺利插入阴道，完成性交及射精，可以通过体外射精。通过人工将精液送入阴道内完成受孕。当阴茎严重畸形影响射精通道，导致不能射精时，可通过睾丸活检取精。通过体外培养完成人工受孕。
当阴茎畸形伴有睾丸生精功能障碍时，一般很难产生出正常的精子，致使女性受孕。即使受孕，胎儿流产或者畸形的概率，也将大幅增加。