门静脉海绵样变，可以进行手术治疗。手术治疗是门静脉海绵样变最主要的治疗方式。通常情况下，只要是患者病情许可，可以首选联合分流术加断流术。如果是病情紧急，也可以先行脾切除加门奇静脉断流术控制出血以后，再加行肠系膜上静脉与下腔静脉c型架桥术。
对于门静脉海绵样变的患者，还可以使用内镜治疗的方式来进行治疗。在内镜下，食管曲张静脉注射硬化剂，或者是食管曲张静脉套扎。
还可以使用介入放射治疗的方式，选择腹部动脉造影，确定出血部位以及原因后，经导管药物灌注或者栓塞治疗，可以有效的控制出血。
部分患者可以配合使用药物来进行治疗，比如说可以使用垂体后叶素、奥曲肽等。