肛周湿疹的治疗，最好是结合中西医共同进行，效果理想。
肛周湿疹可以引起肛门皮肤皮疹、瘙痒。急性的肛周湿疹以肛门皮疹、瘙痒为主，皮疹可破溃流液。治疗上主要是以保持肛门干燥，预防局部感染为主。未破溃的肛周湿疹，可以外用止痒药膏缓解症状，皮肤破溃者不要外用药膏，会影响伤口愈合。慢性湿疹是以皮肤瘙痒为主，皮肤无明显的皮疹，但可发现皮肤增厚。
瘙痒呈长期反复发作，单纯的中医、西医治疗效果都较差，最佳的方式是中药坐浴，配合外用西医止痒药膏治疗，还有平时保持肛门干燥，禁止食用辛辣、刺激等食物。