间质性肺炎是否会留下后遗症，取决于引起间质性肺炎的病因是否可以去除，以及间质性肺炎的严重程度，是因人而异的。
间质性肺炎是一大类的疾病，包括很多原因引起的肺间质的炎症和肺纤维化，大部分的间质性肺炎不能找到明确的病因。如果是由细菌、病毒、真菌、不典型病原体感染或者是过敏因素引起的间质性肺炎，经过积极治疗以后，是可以痊愈不留下后遗症的。
大部分的间质性肺炎，比如服用某些药物引起的间质性肺炎，风湿免疫疾病引起的间质性肺炎，放疗等因素导致的间质性肺炎或者是特发性的肺间质纤维化，这些患者往往会出现呼吸功能的减退，长期有慢性呼衰。