甲硝唑主要是用来治疗厌氧菌感染，而口腔内的牙疼多数情况下也是由于厌氧菌感染所导致的。所以甲硝唑治疗牙疼是对症的。但是因为甲硝唑的副作用比较大，通常容易发生畸形，致癌的作用，所以建议怀孕或者是备孕的女性千万不要服用。
如果小孩也尽量不要吃甲硝唑，因为它的毒性是很大，常规情况下，可以服用正常的抗生素，比如头孢、阿莫西林或者大环内酯类的药物，比如罗红霉素、红霉素肠溶胶囊。对于牙疼也是很有效果的。没有必要一定要服用甲硝唑。在药店卖的通常是人工牛黄甲硝唑。其实对牙疼的效果并不见得很好，所以建议患者在牙疼以后，首先到口腔科就诊，由医生为您进行牙齿内的上药效果会更好的。