肺炎支原体IgM抗体阳性，多提示患者处于肺炎支原体感染的急性期，其治疗上通常需要进一步的完善相关的检查来明确感染的程度。
通常需要行血常规、C-反应蛋白、胸部X线或CT检查，当诊断明确以后多需要予以敏感的抗生素抗炎处理，例如氟喹诺酮类的莫西沙星或左氧氟沙星，大环内酯类的罗红霉素、阿奇霉素等，此时不能选择青霉素类和头孢菌素类无效的抗生素。如果是形成了急性支气管炎，通常抗炎一周左右的时间，如果是肺炎支原体肺炎，此时抗感染疗程需要适当的延长，通常需要10-14天。
当然在抗感染的同时，要积极对症处理和防治相应的并发症，此外肺炎支原体感染呼吸道时，此类患者是有一定程度的传染性，此患者尽量的避免与他人密切的接触。