六味地黄丸是一个滋补肾阴的药物，主治肾阴不足，所以不适合服用本品的人群为有肾阳虚证型者。对于肾阳虚患者，若长时间或过量服用六味地黄丸，不但起不到调治效果，反而可损伤肾阳，使不良症状加重。
六味地黄丸重在滋阴，如果脾胃运化不佳、消化功能较差者也应慎用，特别是脾胃虚弱症状严重者，不能服用本品。
此外，如果有温病热证、感冒发烧期间，要慎用六味地黄丸。对于一些有慢性病患者，如糖尿病、肝肾病、高血压、心脏病等患者，如需服用本品，需在医生指导下使用。