10%到30%的患者妊娠合并生殖器疱疹的病因是由单纯疱疹病毒I型引起，70%到90%的患者疱疹病毒II型引起。该病毒可潜伏在宫颈体内，当免疫力降低或其它因素刺激时易复发和发作，孕妇免疫力下降，其感染是非孕妇的2到3倍。
许多报道指出，在孕早期感染病毒可通过胎盘进入胎儿体内，导致自然流产、死胎、先天性畸形、宫内发育迟缓及早产等。
也可曾隐性感染持续带病毒状态，50%新生儿感染是发生在经原发性感染孕产妇产道分娩时，大多是因阴道分娩受染，虽然出生时外表可正常，但产后三周内逐渐出现症状。