卵巢黄体囊肿和卵巢囊肿是否一样，要看卵巢囊肿的具体性质。
比如女性是在排卵以后发现有卵巢囊肿，在月经干净以后再复查，又自然消失了。这时候的卵巢囊肿就是生理性的卵巢黄体囊肿。但是如果女性卵巢囊肿持续存在，而且还会有长大的表现，这时卵巢囊肿和卵巢黄体囊肿不一样。这类卵巢囊肿在过大的情况下，是容易出现破裂或者伴随扭转的，一般需要做手术将其摘除。
如果女性是卵巢囊肿，是卵巢的巧克力囊肿，跟卵巢黄体囊肿完全不一样，因为巧克力囊肿是属于病理性囊肿，而黄体囊肿是属于生理性的囊肿。