男性出现龟头刺痛的病因，需要结合患者症状持续的时间、发作频率及龟头皮肤改变综合分析。
如果为偶尔出现龟头刺痛，并且刺痛持续时间很短、龟头皮肤正常，考虑为神经性疼痛，常见于有维生素缺乏或患有糖尿病的人群。如发生的频率不高，对患者生活无明显影响，可不给予治疗，也可给予维生素B12营养神经治疗。
如果为持续性龟头刺痛，且龟头皮肤可见红肿表现，还可能伴随排尿时烧灼样疼痛或龟头可见炎性分泌物，这种情况考虑为龟头炎症所致。需要在清洗龟头后，给予消炎药物涂抹龟头治疗。