膜增生性肾小球肾炎的诊断主要是通过肾脏病例组织学的检查来诊断。通常需要鉴定的疾病，包括如下：
1、糖尿病肾病。糖尿病肾病都有长期糖尿病病史。膜增生性肾小球肾炎、阶级性损害，出现在大多数的肾小球中，而糖尿病肾病发生相对很少，因此可以从免疫病理学上进行鉴别。
2、淀粉样肾病。通过光镜he染色、刚果红染色，以及电镜下检查完全可以对两者之间进行鉴别。
3、前列腺肾炎。光镜下与膜增生性肾炎确实是难以鉴别，但是通过免疫病理学可以明显区分。
4、狼疮性肾炎。狼疮性肾炎可以出现多种类型的病理学的改变，可以出现类似于膜增生性肾小球肾炎的病理改变。但狼疮性肾炎，免疫病理检查可以呈现满堂亮、满堂红现象。而膜增生性肾小球肾炎是同时出现多种免疫球蛋白是罕见的。
5、过敏性紫癜病理类似于膜增生性肾炎的改变。鉴别的主要点为：患者有皮肤指点关节痛、腹痛等等一些过敏性的表现。