对于单纯性肾囊肿的诊断依据，该病通常是成年时期发病，多数患者没有特殊的临床症状，也不会影响患者的肾功能，患者偶尔可以出现血尿。
临床上对于该病的发现一般都是在患者做B超或者CT时不经意间发现的，该病的患者尿液检查通常是正常现象，但是单纯性肾囊肿可以引起患者出现腹痛或者腹部包块的出现；偶尔可见患者出现血尿，通常是因为囊肿发生破裂；单纯性肾囊肿也可以导致患者的肾盂和肾盏出现梗阻的症状，所以对于该病的诊断依据，主要是通过B超或者CT等影像学检查。
对于单纯性肾囊肿并不需要特殊的处理，主要是监测肾囊肿的大小。