沙眼衣原体感染主要是通过患者的症状、眼睛的临床表现、实验室检查来诊断。
沙眼衣原体感染会出现怕光、流泪、异物感、分泌物较多等症状。眼部裂隙灯检查可以发现有乳头、有滤泡、角膜上有血管翳、上皮出现角膜炎、睑结膜会出现瘢痕，甚至还有患者出现倒睫、角膜混浊等并发症。
实验室检查，可以检测出淋巴细胞、浆细胞，还有多行核细胞，结膜刮片会显示核周围出现包涵体。因此，如果患者出现上述眼部不适症状，需要及时医院就诊，明确诊断。