导致吞口水时耳朵疼的原因有很多，首先要考虑可能是因为咽鼓管功能不良引起。例如咽鼓管不通畅或者是咽鼓管完全堵塞时，就容易会导致中耳腔压力呈现一种负压状态，中耳黏膜也会充血。当吞咽口水时，因为有气体会进入到中耳腔内，对黏膜造成刺激引起耳朵疼。
另外，也有可能是因为鼻咽部炎症引起。例如急性咽炎、扁桃体炎、鼻咽炎等都容易会逆行导致中耳发炎。咽口水时会感觉到耳朵疼，一般还会伴随着听力下降、耳鸣、耳闷等症状。