慢性肾盂肾炎需要与以下的疾病进行鉴别：
一、肾结核。肾结核的症状和体征与慢性肾盂肾炎类似，但是肾结核的膀胱刺激症状比慢性肾盂肾炎更加明显，同时肾结核使用抗生素无效，而慢性肾盂肾炎急性发作时使用抗生素有效，肾结核的尿路造影可见到肾实质出现虫蚀样缺损改变。
二、尿道综合征。尿道综合征的患者有明显的尿路刺激的症状，但是尿常规检查往往正常，该病多发于中年女性。
三、慢性肾小球肾炎。慢性肾小球肾炎的患者一般没有明显的尿路刺激症，但该病的患者肾小球功能损害较为明显，而慢性肾盂肾炎的患者一般是肾小管功能损害明显，可以从这两点上相鉴别。