衣原体感染的危害特别大。首先对于有衣原体感染的女性，可能会导致阴道菌群失调，而引起反复的阴道炎出现，这时就会有白带增多、白带黄以及外阴瘙痒和异味的表现。
同时对于有些衣原体感染的女性，还可能会引起女性反复出现霉菌性阴道炎发作，所以对于阴道炎反复发作的女性，都需要专门做支原体、衣原体的检查。
如果女性在衣原体感染以后，没有做特殊的治疗，在怀孕期间还可能会影响胚胎的生长发育，导致出现先兆流产，甚至还可能会引起胚胎停育，以及自然流产等表现。