直肠内脱垂有可能会引起肛门疼痛。
直肠内脱垂是直肠壁与黏膜发生分离出现移位，直肠内脱垂也就是直肠的黏膜没有脱出肛门外，只是在肛门内。如果轻微的内脱垂并没有造成直肠黏膜缺血，不会引起肛门疼痛。
如果是严重的直肠内脱垂，直肠黏膜反折非常严重，造成了血液供应不畅甚至是完全性闭塞，就会引起直肠的黏膜缺血，时间一长会造成直肠黏膜坏死从而引起疼痛，这种疼痛会向肛门处放射引起肛门疼痛。轻症的直肠内脱垂可以通过调整饮食，多做提肛运动调整，但严重的直肠内脱垂需要手术治疗。