对矮小症进行手术之后，主要有以下后遗症：
第1种，系统发育不良，表现在多个系统的发育情况上，可能会引起患儿出现躯干、四肢以及头部发育不良的表现，因此在手术后要及时的进行复查。
第2种，身材不对称，即使矮小症得到了及时的手术治疗，但是已经造成的伤害是不可逆的，只能够避免即将产生的伤害，所以患儿仍然会存在身体的不对称。
第3种，对心理的影响，矮小症的患儿在治疗之前和治疗之后，都有可能面临心理上的问题，需要通过心理治疗慢慢的缓解，并且要学会打开内心，与同龄人进行交往。