大多数肺炎支原体感染者仅累及上呼吸道。在经过2到3周病情加重表现发热、全身不适、头痛和咳嗽。
咳嗽是肺炎支原体感染的特点在随后的一到两天，咳嗽的频率和严重程度增加，可能会使患者衰弱。肺炎支原体感染这种症状逐渐加重的特点，与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别。大概有5%到10%的患者可进一步发展为气管-支气管炎或肺炎。在这一阶段原先的临床表现仍然存在，咳嗽更加严重痰白色较少偶有痰中带血，由于持续咳嗽患者可因肌张力增加还发生胸骨旁胸腔疼痛。患者发热体温通常在37度8到38度五并伴有畏寒，体格检查患者一般情况尚可，咽部充血水肿但通常没有颈部淋巴结肿大。
有些患者可有肺部以外的并发症如出现皮疹、心包炎、溶血性贫血、关节炎、脑膜脑炎和外周神经病的。