新生儿胎记的原因有很多，不同的类型的胎记，原因也是不同。
比如蒙古斑以及太田痣是在胚胎发育过程中从神经嵴衍生而来的，黑色素细胞未能达到表皮的基底层，就在真皮内形成的病变。另外，还有咖啡斑多与遗传有关系，与日晒没有关系，多是神经系统疾病的一种标志，比如神经纤维瘤。另外，还有色素痣，色素痣的形成与遗传和环境因素有关系。
环境中的紫外线，比如过度的照射容易造成色素的形成，所以新生儿出现胎记，多数与环境、遗传以及胚胎发育都有一定的关系。