首先患者进行尿常规检查，可以发现患者的尿液中出现白细胞管型。还有尿细菌学检查，对慢性肾盂肾炎的诊断有着重要依据，通常表现为真性细菌尿。
患者还可以做肾功能检查，在慢性肾盂肾炎的早期，会出现肾小管损害，导致尿液浓缩下降。在慢性肾盂肾炎的晚期，会发现肾小球损害，会导致患者肾功能下降。
同时还可以做影像学检查，例如B超可以观察到慢性肾盂肾炎患者的肾脏体积缩小、并且凹凸不平。静脉肾盂造影可发现患者肾盂肾盏狭窄、变形，静脉肾盂造影对于慢性肾盂肾炎的诊断最有意义，除了诊断以外，还要积极的治疗。