淋巴细胞减少是细菌感染引起。在细菌感染后，中性粒细胞升高，淋巴细胞下降，通过抗感染的治疗后，淋巴细胞的比例可以恢复正常。
还有可能是由于一些血液系统疾病导致，比如出现了骨髓抑制导致的全血细胞减少，淋巴细胞也会随之减少。可以通过骨髓穿刺来进一步的明确病因还有诊断。
还有致病微生物侵入人体后，淋巴细胞也会进行病原体防御性杀灭，由于消耗过多，也会导致淋巴细胞下降。艾滋病毒会破坏人体的CD4，以及T淋巴细胞，也会出现淋巴细胞减少的情况，导致免疫功能低下，引起身患各种疾病。