它是肛瘘、痔和肛裂的伴发症或是前驱症，有人称肛窦炎为“不完全性肛瘘”，它多由饮食不节、过量饮酒、进食辛辣刺激食物、腹泻等原因所致。由于症状较轻，又处在肛管的内部，常被患者和医生所忽视，但它是一种重要的潜在感染病灶，约有85%的肛门直肠病变与肛窦感染有关。
因此，对本病的早期诊断和治疗有重要意义。一年四季均可发病，如果及时治疗，一般预后良好，但有部分患者可能发展成为肛周脓肿，需要手术切开引流。
肛乳头炎常与肛窦炎并发，常是肛裂、肛瘘的并发症。但症状多不严重，肛乳头重度纤维化增殖又称为肛乳头纤维瘤，可以反复脱出肛门外，是需要手术切除的。