巧克力囊肿很容易复发，巧克力囊肿也是属于子宫内膜异位症的一种。
巧克力囊肿是因子宫内膜的组织异位到卵巢上，卵巢上的内膜组织也随月经周期发生之周期性出血，导致卵巢上形成一个或多个的囊肿。巧克力囊肿的手术治疗，一般手术可以将卵巢上病灶在肉眼下切除干净，但其实卵巢仍残有子宫内膜组织，随月经的出现，又会生长出新的巧克力囊肿。所以巧克力囊肿是属于激素依赖性疾病，只有在不来月经异位的子宫内膜病灶才可能逐渐的萎缩吸收，才可以称为治愈。
因此对有月经的女性，巧克力囊肿经治疗后还是会复发，除非月经不再来潮。