蹄铁形肾的治疗要看患者是否有症状。蹄铁形是肾脏发育的过程中出现了融合的畸形，融合之后除了肾脏的畸形可能会伴有输尿管的畸形。有些患者发生蹄铁形肾之后没有任何的症状，不需要给予患者任何的治疗，但平时要定期的复查泌尿系的彩超。
有些发生蹄铁形肾的患者可能会有反复的泌尿系感染，需要给予抗炎的药物治疗。有些患者可能会伴发泌尿系结石，在泌尿系结石的基础上，有可能出现尿道的梗阻导致肾积水。对于后一种情况要给予手术纠正治疗，避免出现尿道的梗阻。