卵巢囊泡与卵巢囊肿的区别为，卵巢囊泡可以发展为卵巢囊肿。卵巢囊泡指的是卵泡，如果卵泡不能正常排出，持续生长就会变成卵巢囊肿，这个情况形成的卵巢囊肿为生理性的，不需要进行特殊治疗，多会在下次月经后消失。
卵巢囊泡属于生理性的，但是卵巢囊肿存在生理性和病理性的，一般病理性卵巢囊肿会持续存在，需要在医生的指导下进行对症治疗，必要的时候还需要进行手术治疗。手术后还需要进行病理化验，确定囊肿的性质是良性还是恶性的。