一般常见的引起眼肌型重症肌无力的原因有几个方面。
第一个就是神经肌肉接头处的改变：神经肌肉接头部的形态学改变是眼肌型重症肌无力病理中最特征的改变，主要表现在：突触后膜皱褶消失、平坦、甚至断裂。
第二个就是胸腺的改变：大约有30%左右的眼肌型重症肌无力患者合并胸腺瘤，40%-60%的眼肌型重症肌无力患者伴有胸腺肥大，还有75%以上的眼肌型重症肌无力患者伴有胸腺组织发生中心增生。腺瘤按它的细胞类型分为：淋巴细胞型，上皮细胞型，混合细胞型，后两种常常伴有眼肌型重症肌无力。
第三个就是肌纤维变化：也是常见的引起眼肌型重症肌无力的原因。眼肌型重症肌无力的早期主要是在肌纤维间和小血管周围有淋巴细胞浸润以小淋巴细胞为主，此现象称为淋巴漏;在急性眼肌型重症肌无力患者中，肌纤维有凝固性坏死，晚期肌纤维可有不同程度的失神经性改变，肌纤维细小。